永徽五年，丁母忧解。明年，起授黄门侍郎，兼检校太子左庶子

薛元超，薛收之子也。元超早孤，九岁袭爵汾阴男。及长，好学善属文。太宗甚重之，令尚巢剌王女和静县主，累授太子舍人，预撰《晋书》。高宗即位，擢拜给事中，时年二十六。数上书陈君臣政体及时事得失，高宗皆嘉纳之。俄转中书舍人，加弘文馆学士，兼修国史。中书省有一盘石，初道衡为内史侍郎，尝踞而草制，元超每见此石，未尝不泫然流涕。
永徽五年，丁母忧解。明年，起授黄门侍郎，兼检校太子左庶子。元超既擅文辞，兼好引寒俊，尝表荐任希古、高智周、郭正一、王义方、孟利贞等十余人，由是时论称美。后以疾出为饶州刺史。三年，拜东台侍郎。右相李义府以罪配流嶲州，旧制流人禁乘马，元超奏请给之，坐贬为简州刺史。岁余，西台侍郎上官仪伏诛，又坐与文章款密，配流嶲州。上元初，遇赦还，拜正谏大夫。三年，迁中书侍郎，寻同中书门下三品。时高宗幸温泉校猎诸蕃酋长亦持弓矢而从元超以为既非族类深可为虞上疏切谏帝纳焉。
时元超特承恩遇，常召入与诸王同预私宴。又重其文学政理之才，曾谓元超曰：“长得卿在中书，固不藉多人也。”永隆二年，拜中书令，兼太子左庶子。高宗幸东都，太子于京师监国，因留元超以侍太子。帝临行谓元超曰：“朕之留卿，如去一臂。但吾子未闲庶务，关西之事，悉以委卿。所寄既深，不得默尔。”于是元超表荐郑祖玄、邓玄挺、崔融为崇文馆学士。又数上疏谏太子，高宗知而称善，遣使慰谕，赐物百段。弘道元年，以疾乞骸，加金紫光禄大夫，听致仕。其年冬卒，年六十二，赠光禄大夫、秦州都督，陪葬乾陵。文集四十卷。子曜，亦以文学知名，圣历中，修《三教珠英》，官至正谏大夫。