父马公，母郑媪，早卒。马公素善郭子兴，遂以后托子兴

太祖孝慈高皇后马氏，宿州人。父马公，母郑媪，早卒。马公素善郭子兴，遂以后托子兴。马公卒，子兴育之如己女。子兴奇太祖，以后归焉。后仁慈有智鉴，好书史。太祖有札记，辄命后掌之，仓卒未尝忘。太祖既克太平，后率将士妻妾渡江。及居江宁，吴、汉接境，战无虚日，亲缉甲士衣鞋佐军。陈友谅寇龙湾，太祖率师御之，后尽发宫中金帛犒士。尝语太祖，定天下以不杀人为本。太祖善之。
洪武元年正月，太祖即帝位，册为皇后。初，后从帝军中，值岁大歉，帝又为郭氏所疑，尝乏食。后窃炊饼，怀以进，肉为焦。居常贮糗糒脯脩供帝，无所乏绝，而己不宿饱。及贵，帝比之“芜蒌豆粥”，“滹沱麦饭”，每对群臣述后贤，同于唐长孙皇后。退以语后。后曰妾闻夫妇相保易君臣相保难陛下不忘妾同贫贱愿无忘群臣同艰难且妾何敢比长孙皇后也。
帝前殿决事，或震怒，后伺帝还宫，辄随事微谏。吴兴富民沈秀者，助筑都城三之一，又请犒军。帝怒曰：“匹夫犒天子军，乱民也，宜诛。”后谏曰：“妾闻法者，诛不法也，非以诛不祥。民富敌国，民自不祥。不祥之民，天将灾之，陛下何诛焉。”乃释秀，戍云南。帝尝令重囚筑城。后曰：“赎罪罚役，国家至恩。但疲囚加役，恐仍不免死亡。”帝乃悉赦之。帝尝怒责宫人，后亦佯怒，令执付宫正司议罪。帝曰：“何为？”后曰：“帝王不以喜怒加刑赏。当陛下怒时，恐有畸重。付宫正，则酌其平矣。即陛下论人罪亦诏有司耳。”
洪武十五年八月，寝疾。群臣请祷祀，求良医。后谓帝曰：“死生，命也，祷祀何益？且医何能活人。使服药不效，得毋以妾故而罪诸医乎？”疾亟，帝问所欲言。曰：“愿陛下求贤纳谏，慎终如始，子孙皆贤，臣民得所而已。”是月丙戌崩，年五十一。帝恸哭，遂不复立后。是年九月庚午，葬孝陵，谥曰孝慈皇后。